차세대 염기서열석 개요 차대 염기서열 분석Next-Generation Sequencing, NGS) 21세기 초반부터 급히 발전한 고속 유전체 분석 기술로, 기존의 Sanger기서열 분법에 비해씬 빠르고 저렴하게 대량의 DNA 또는 RNA 서열을 해독할 수 있는 방법입니다. NGS는 생명과학, 의학, 농업, 환경생물학 등 다양한 분야에서 핵심적인 도구로 자…

기능 유전체학 (Functional Genomics) 1. 개요 기능 유전체학(Functional Genomics)은 유전체(Genome)의 전체적인 서열 정보를 바탕으로, 유전자와 그 산물(RNA, 단백질 등)이 생물체 내에서 실제로 어떻게 작동하며 상호작용하는지를 연구하는 학문이다. 전통적인 구조 유전체학(Structural Genomics)이 DNA …

OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man) OMIM(Online Mendelian Inheritance in Man)은 인간의 모든 알려진 멘델 유전 질환과 그와 관련된 표현형(Phenotype, 유전자 변이로 인해 겉으로 드러나는 신체적·생리적 특성) 사이의 관계를 체계적으로 정리한 종합 유전 정보 데이터베이스이다. 1.…

변이 탐지 (Variant Calling) 1. 개요 변이 탐지(Variant Calling)란 차세대 염기서열 분석(NGS, Next-Generation Sequencing)을 통해 얻은 샘플의 염기서열 데이터를 표준 참조 유전체(Reference Genome)와 비교하여, 염기서열의 차이가 발생하는 지점을 식별하고 그 유형을 결정하는 생물정보학적 분석 …

Verticillium dahliae 개요 Vertillium dahliae는양에 서식 균사형 곰팡로, 전 세계적으로 다양한 경작 작물에 피해를 주는 식물 병균이다. 이 병원균은 버티실륨 시들음병(Verticillium wilt의 주요 원인균 중 하나로, 수십 종 이상의 식물에 감되며 특히 감자, 토마토, 고추, 면화, 딸기, 아스파라거스, 오이, 가지과 …

IGV (Integrative Genomics Viewer) 1. 개요 IGV(Integrative Genomics Viewer)는 고해상도 유전체 데이터를 시각적으로 탐색하고 분석하기 위해 개발된 오픈 소스 인터랙티브 유전체 브라우저(Genome Browser)이다. 차세대 염기서열(NGS, Next Generation Sequencing) 기술로 생성되…

Galaxy (생물정보학 플랫폼) 1. 개요 Galaxy는 생물학 및 생물정보학 분석을 위해 설계된 오픈 소스 기반의 웹 기반 데이터 분석 플랫폼이다. 이 플랫폼의 주된 개발 목적은 복잡한 명령줄 인터페이스(CLI, Command Line Interface) 사용법을 익히지 않은 생물학자나 의료 전문가들이 전문적인 생물정보학 도구를 쉽게 사용할 수 있도록 …

엔드 리페어 (End Repair) 1. 개요 엔드 리페어(End Repair)는 차세대 염기서열 분석(Next-Generation Sequencing, NGS)의 라이브러리 제작(Library Preparation) 과정에서 수행되는 필수적인 전처리 단계이다. DNA 추출 또는 단편화(Fragmentation) 과정을 거친 DNA 조각들은 끝부분이 불규칙…

전사체 (Transcriptome) 전사체(Transcriptome)는 특정 생물학적 조건, 세포 유형, 또는 조직에서 전사된 RNA(리보핵산) 분자의 전체 집합을 의미합니다. 즉, 유전체(Genome)가 가지고 있는 유전 정보가 실제로 발현되어 RNA로 복사된 부분의 총체를 지칭하는 용어입니다. 전사체학(Transcriptomics)은 이러한 전사체의 구…

유전자 데이터 분석 개요 유전자 데이터 분석(Gene Expression Data Analysis)은 생물정보학(Bioinformatics)의 핵심 분야 중 하나로, 생물의 유전 정보를 해석하고 생명 현상의 기초를 이해하는 데 중요한 역할을 한다. 최근 고차원 유전체 기술(예: 차세대 염기서열 분석, DNA 마이크로어레이, RNA-Seq 등)의 발전으로 인…